Le site de l'Hôpital du Jura de Porrentruy réunit de nombreuses compétences complémentaires. Un Centre de rééducation très moderne offre des prestations dans le domaine de la rééducation musculo-squelettique, neurologique, oncologique et uro-dynamique.
Le Centre de rééducation de Porrentruy est aussi reconnu pour ses domaines de compétence pointus : traitement des troubles moteurs, gestion de la spasticité (reconnaissance nationale pour effectuer des injections de toxines botuliques sous guidage échographique), stimulation électrique fonctionnelle.
Par ailleurs, le site de Porrentruy dispose aussi notamment de rééducation gériatrique, d'une unité de gériatrie aiguë, de soins palliatifs, etc.